全自動巴氏殺菌流水線的原理是巴氏消毒法，它是由法國微生物學家巴斯德發明的冷殺菌法，是一種利用較低的溫度既可殺死病菌又能保持物品中營養物質風味不變的消毒法。一般微生物生長的適宜溫度為28℃—37℃，溫度太高，細菌就會死亡。巴氏殺菌機就是一種是將牛奶等食品加熱到60~65℃，保持30分鐘殺菌，然后將溫度急速冷卻到4-5℃進行保存。這種殺菌，多用于牛奶等，既能將病原菌殺死，也可減少營養損失。

 

　　全自動巴氏殺菌流水線的工作原理是基于加熱和冷卻的循環。首先，食品通過加熱系統被加熱到適當的溫度，然后通過冷卻系統迅速冷卻到的溫度。這個過程可以重復多次，從而殺死細菌并確保食品的安全。巴氏殺菌機利用病原體不是很耐熱的特點，通過適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。但經巴氏消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢。這種方法的適用范圍包括各種類型低溫肉食制品、水果罐頭、醬腌菜、果醬、豆制品、奶制品等真空軟包裝食品、軟管軟瓶包裝物、玻璃瓶包裝的醬菜、醬腌菜、果醬、罐頭包裝物的滅菌，以及水果山野菜及其它特種果品蔬菜的漂燙或予煮等工序。12巴氏殺菌機的工作過程包括預熱階段、加熱階段、保持階段和冷卻階段。在預熱階段，介質(通常是水)被加熱到一個預設的溫度，這個溫度根據不同的食品類型和所需的殺菌程度而變化，一般在60℃至90℃之間。加熱階段中，待處理的食品(如牛奶、果汁或其他液態食品)被連續或間歇地送入巴氏殺菌機，溫度通常會升至75℃至90℃。保持階段是食品在達到目標溫度后，在該溫度下保持一段時間，這段時間從幾秒鐘到幾十分鐘不等。，為了防止在處理后因殘留熱量導致的繼續加熱和可能的微生物再生長，以及為了保持食品品質，完成加熱和保溫后，食品會被迅速冷卻。