水果在放入保鮮冷庫前冷庫需要經過消毒處理。保鮮冷庫消毒使用的消毒劑通常是硫磺，用量一般情況下是一公斤硫磺用于100立方保鮮冷庫的消毒。消毒之后用鋸末點燃封閉兩天時間。保險坑若每次入庫的量不宜過大，每天進貨量有10%左右就可以。
水果入庫前的篩選：
水果在進入保鮮冷庫前都要經過嚴格的篩選，需要發生腐爛或者是已經存在傷口的水果篩選出來，以免發生大面積腐爛變質。水果傷口無論大小都會對水果質量造成影響，所以禁止有傷口的水果入庫。把經過篩選的水果經過預冷運進保鮮冷庫：水果在陰涼、干燥環境中放置一夜，天亮前搬至庫內。如果要長時間進行儲存使用保鮮袋分批盛裝輕輕地放到保鮮冷庫內，嚴謹大量的堆垛，動作要輕，避免在搬運的過程中碰撞。
水果出庫時的注意事項：
跟入庫一樣，水保在出保鮮冷庫也要逐步適應，直接出庫會導致水果面水珠凝結，或導致水果顏色發暗，或導致口感變差，或導致腐爛。水果在保鮮冷庫的保存注意事項：升溫溫度以每次高出果溫2℃～4℃為宜，相對濕度75％～80％。當庫內的溫度與外界溫度相差4℃～5℃時即可出庫。
