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巴氏殺菌熱處理程度比較低，一般在低于水沸點溫度下進行加熱，加熱的介質為熱水。不同的食品采用巴氏殺菌，有著不同的目的。某些食品，特別是牛乳、全蛋、蛋清和蛋黃，巴氏殺菌主要是破壞可能存在的病原菌，如結核桿菌和沙門氏菌。另外，大多數食品，如啤酒、果酒(葡萄酒)和果汁等采用巴氏殺菌的目的是從微生物和酶的角度來延長產品的貨架壽命。一般經過巴氏殺菌的食品仍會含有許多能夠生長的微生物，通常每毫升或每克中有幾千個活菌，比商業殺菌的產品的貯藏期有所縮短。巴氏殺菌技術除用于液態食品(果汁、牛乳)、酸性食品和果醬罐頭等外，還向其他領域滲透，如處理帶殼牡蠣時用蒸汽處理法會降低牡蠣的含菌數。它的優點就是在較低溫度、較短時間內處理食品，大限度地使食品的色、香、味以及營養成分免受高溫長時間處理的破壞。
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