芥酸是菜籽油中存在的一種脂肪酸，在菜籽油中的含量為31%-55%。糧農組織對菜籽油中芥酸含量有規定，要求菜籽油中芥酸含量應低于5%。目前我國低芥酸菜籽油中芥酸含量≤ 5%。動物實驗證明，大量食用芥酸含量高的菜籽油，會導致心肌纖維化，導致心肌病變，動物繁殖力下降，發育緩慢，血小板減少。

棉酚是天然存在于棉籽中的一種多元酚類物質，未精煉的棉籽毛油中含大量棉酚，精煉后很低。長期食用生榨棉籽油可引起慢性中毒，其臨床特征為皮膚灼熱、無汗、頭暈、心慌、無力及低血鉀癥等，還可導致性功能減退及不育癥等。

某些油料，如花生、大豆，如果儲存不當很容易發霉變質，如黃曲霉。發霉的油料在制油過程中，黃曲霉會被帶入油中。黃曲霉具有致癌性，其靶器官主要是肝臟，中毒以后輕則導致嘔吐、腹痛、肝炎、水腫、黃疸，重則可能發生惡性病變，如發生肝癌，甚至可能致命。

苯并芘是食用植物油中常見的一種致癌物，其產生的最主要原因是在壓榨之前高溫烘炒，油籽發生焦化從而產生苯并芘。小作坊烘炒菜籽、花生等作物時，溫度難以控制，一旦溫度過高就容易導致苯并芘超標。

油脂的重金屬污染主要來自兩個方面：一是環境污染，由油料帶入；二是加工、儲運過程中，外源性帶入。重金屬超過一定濃度都對人體有毒。如汞對大腦視力神經破壞極大；鉻會造成四肢麻木，精神異常；砷會使皮膚色素沉著，導致異常角質化；鉛直接傷害人的腦細胞，可造成先天大腦溝回淺，智力低下。