巴氏殺菌流水線的工作是溫度控制儀將設定的pu值（是巴士殺菌單位，在60°下經歷1分鐘所引起的滅菌效應為一個巴氏殺菌單位，即一個pu值）轉化為各溫區水槽的實際控制溫度曲線，通過對溫度的檢測精確控制各溫區的溫度變化，主傳動電機帶動上下兩層輸瓶鏈網將產品依次經過三個溫區的逐級升溫預熱、兩個溫區的殺菌和三個溫區額逐級降溫冷卻過程，達到將產品殺菌又冷卻至室溫以保持風味特性的目的。傳動裝置的是借助不銹鋼鏈板或網鏈，將包裝好的產品緩慢地傳送并穿過隧道進行殺菌處理。
巴氏殺菌流水線運行速度，溫度可根據工藝要求進行控制，運行平穩，不銹鋼網帶強度高，伸縮性小，不易變形，保養簡單，解決了滅菌過程中因為自動化程度不高而引發的滅菌不均勻等問題提高了滅菌的效率，該設備可連接清洗風干流水線，使產品可以直接裝箱打包。
生產工藝：
將混合原料加熱至68～70℃，并保持此溫度30min以后急速冷卻到4-5℃。因為一般細菌的致死點均為溫度68℃與時間30min以下，所以將混合原料經此法處理后，可殺滅其中的致病性細菌和絕大多數非致病性細菌；混合原料加熱后突然冷卻，急劇的熱與冷變化也可以促使細菌的死亡。
巴氏殺菌流水線的優點：
1、每個殺菌系統配用循環泵，通過管道把熱水或冷水送到需要殺菌的物品上，被殺菌物品在室內慢慢輸送，達到降低殺菌溫度的目的。水循環由出料端往進料端循環，使殺菌溫度更均衡，循環水泵前邊加有過濾系統，以防止槽內雜質抽到泵中，長時間在殺菌（冷卻）槽內循環；
2、整機設計合理，運行安全可靠，結構緊湊，占地小，操作容易，維修方便、安裝簡單；
3、機器運行平穩，無極變頻調速，噪音低。不銹鋼網帶強度高，伸縮性小，不易變形，易保養。該機結構緊湊、操作方便、故障率低，加熱方式采用鍋爐蒸汽或鍋爐熱水，特別適合連續漂燙殺青作業。
